El actual Museo Nacional de Arte Romano, vino a sustituir al antiguo Museo Arqueológico de Mérida, creado por Real Orden el 26 de Marzo de 1838. El 19 de Septiembre de 1986 se inauguraba la sede actual del Museo, obra de Rafael Moneo Vallés, exponente clave de la Romanización de Hispania, explicada a través de las piezas recuperadas del yacimiento emeritense.

Centro investigador y difusor de la cultura romana, en él se celebran congresos, coloquios, conferencias, cursos, exposiciones y otras muchas actividades de ámbito nacional e internacional.

Los precedentes del Museo Nacional de Arte Romano se remontan al siglo XVI, cuando don Fernando de Vera y Vargas, señor don Tello y Sierra Brava, comenzó a formar una importante colección epigráfica en su palacio. Su hijo, el conde de la Roca, la mantuvo y acrecentó, disponiendo algunas piezas en la fachada del edificio, el cual fue derribado a finales del siglo pasado.

En 1724 se reunieron, a iniciativa del Ayuntamiento, a la entrada por el puente al Conventual o Alcazaba varios mármoles antiguos descubiertos en la ciudad. Este mismo siglo XVIII ve formarse otra colección, la denominada «Jardín de Antigüedades» en el Convento Jesús de Nazareno (hoy Parador Nacional de Turismo), bajo la atenta supervisión de dos eruditos de la época: Agustín Francisco Forner y Segarra, y el padre Domingo de Nuestra Señora.

Desde entonces, diversas excavaciones van a ir proporcionando numerosos objetos arqueológicos que acrecientan notablemente las citadas colecciones.
Como consecuencia de la Desamortización del Estado, consciente de la importancia arqueológica de la ciudad, cede en 1838 para museo la Iglesia del convento de Santa Clara, donde se instalan, por fin, las series emeritenses. El primer inventario del centro, realizado en 1910, arrojó un total de 557 objetos.

Posteriormente, bajo la dirección del catedrático de Arqueología de Madrid, José Ramón Mélida, y del erudito arqueólogo local Maximiliano Macías, comienzan las excavaciones sistemáticas en el conjunto monumental emeritense (teatro, anfiteatro, circo, necrópolis, casas, etc.), que se desarrollan entre 1910 y 1936. Los fondos del museo, incorporado desde 1939 a la tutela del Cuerpo Facultativo de Archiveros, Bibliotecarios y Arqueólogos, aumentan hasta el número de 3000 piezas.

La idea de crear un museo dedicado exclusivamente al arte y la cultura romana en Mérida era acertada, ya que el yacimiento emeritense a través de sus restos monumentales y de las piezas de su museo nos acerca al proceso de romanización en Hispania en todas sus facetas. Por otra parte, la relevancia de sus colecciones adquiere una dimensión que excede el ámbito local y regional, y justifica su carácter de Museo Nacional.

No se dudó de la ubicación del nuevo museo. Nada mejor, según apreciación de su anterior director, José Álvarez Sáez de Buruaga, que situarlo contiguo al teatro, anfiteatro y casa del anfiteatro, que reciben un elevado número de visitantes al año, y donde la evocación de la romanidad en que nos envuelve este conjunto es excepcional. Además, las excavaciones necesarias antes de iniciar la nueva construcción, aportaría un importante contexto arqueológico que quedaría incorporado al museo.

En 1980 el proyecto del edificio fue encargado al arquitecto Rafael Moneo Vallés, quien lo llevó a cabo entre 1980 y 1985.

La instalación museográfica es obra del actual equipo científico del museo que trabajó en estrecha colaboración con el arquitecto. Fue proyectada para asumir nuevas incorporaciones y cambios, según lo aconseje el desarrollo de la constante investigación arqueológica realizada en el solar emeritense.

El museo fue inaugurado el 19 de septiembre de 1986 por SS MM los Reyes de España en presencia del presidente de la República de Italia. Se rememoraba así el vínculo de Roma con una de las más importantes ciudades del Imperio: Augusta Emérita.