Por otra parte, el proyecto de construcción del Museo de la Historia Militar en el Alcázar de Toledo, que implica el traslado de los fondos del Museo del Ejército de Madrid, ha levantado las críticas de algunas instituciones contrarias a este traslado. Así, a la denuncia del ICOMOS, organismo consultivo de la Unesco para la defensa de monumentos, sobre la posible vulneración que la nueva construcción pueda cometer respecto a la defensa de los BIC, se une también un informe de la Real Academia de la Historia «totalmente contrario» a la reforma del Alcázar para acoger las nuevas instalaciones.

Sin embargo, estas denuncias contrastan con los acuerdos tomados por los organismos urbanísticos competentes. El proyecto ha pasado ya varios filtros, como el de la Comisión de Urbanismo, pero sobre todo el de la Comisión de Patrimonio de la Consejería de Cultura, que dio su aprobación por unanimidad al entender que la volumetría que presenta no altera el Plan Especial del Casco Histórico. La razón fundamental para dar luz verde al proyecto es que las nuevas instalaciones que se levantarán quedan bajo rasante, de forma que no alterarán la actual perspectiva.