El 20 de septiembre de 1990 el abogado valenciano Juan Marco Molines interpone un recurso contencioso administrativo contra la resolución de la Consejería que aprobaba el proyecto.

Tres años después, el Tribunal Superior de Justicia de la Comunidad Valenciana estimaba el recurso y declaraba el proyecto «contrario a derecho». En la sentencia se destaca que la intervención vulneraba la Ley de Patrimonio Histórico, en la que se establece que las únicas actuaciones que pueden hacerse en los monumentos nacionales deben ir encaminadas a su conservación y consolidación, evitando intentos de reconstrucción, salvo cuando se utilicen partes originales de los mismos».

Ese mismo mes la Generalitat Valenciana se opone a ejecutar la sentencia de paralización de las obras y en junio interpone un recurso de Casación ante el Tribunal Supremo contra la sentencia, y otro ante el Tribunal Superior de Justicia de la Comunidad Valenciana para evitar cumplir la sentencia de paralización de las obras aún pendientes.

Otros seis años más fueron necesarios para que el Supremo se posicionara. Así, en octubre del año 2000, el alto Tribunal fallaba definitivamente sobre la ilegalidad de las obras, destacando que fueron contrarias a la Ley de Patrimonio histórico que «tiene la misión de evitar los intentos de reconstrucción de los inmuebles históricos de interés cultural», y obligaba a devolver el Teatro romano de Sagunto al estado previo a la rehabilitación. Este fallo se apoyaba en un dictamen de la Academia de Bellas Artes de Valencia, que además de advertir del riesgo «de desvirtuar la memoria histórica del monumento», incidía en que «la rehabilitación se convierte de hecho en una reconstrucción no mimética (...) sino creadora de una idea teórica del teatro romano con el empleo de una composición «ex novo» y de materiales y tecnologías actuales».